Mario viaja até Vila Viciosa, a famosa cidade, para ajudar a princesa Peach a procurar um tesouro. Mas, ao chegar, descobre que Peach desapareceu! Depois de tomar conhecimento da lenda dos cristais estelares, Mario parte em busca deste tesouro mítico, na esperança de encontrar também a princesa.
É claro que Mario não é o único que espera encontrar os cristais estelares, e Bowser também não estará sozinho para lhe causar problemas desta vez! Conseguirão os nossos heróis descobrir estes objetos ancestrais, abrir a Grande Porta e, quem sabe, salvar o mundo?
